千年一次的彗星之夜里，愿望将会实现……立志成为出色的神奇宝贝训练师的小智、小遥和小胜，带着皮卡丘展开了新的旅程。为了观看千年彗星出现的刹那，来到恩斯游乐场，并认识魔术师巴特勒与戴安。在魔术表演中，小胜听到一阵细微的呼唤声…那是在〝沉眠之茧〞中沉睡了千年，可帮助人类达成愿望的神奇宝贝——基拉祈。在千年彗星出现的夜晚，如果遇到拥有纯真心灵的伙伴便会苏醒。为了让基拉祈醒来，巴特勒请小胜当基拉祈的伙伴，果然，基拉祈从万花镜般的光芒中苏醒过来。虽然基拉祈只能停留短暂的七日就会再消失，但是头一次拥有属于自己的神奇宝贝的小胜，对基拉祈却非常宠爱。充满野心的魔术师巴特勒，因为知道基拉祈具有神奇的力量，便把基拉祈给抢走，并且想利用他来完成愿望。不怀好意的巴特勒，他的愿望是什么呢？小智与小胜要如何克服困难，成功救出同伴呢？小胜与基拉祈又会面临怎样的生离死别呢？

在车站目送明彦的远去，心里当然不是滋味...几通电话后，这个心急的女孩竟然也跑到pia4号店来打工（不知道她是怎么死缠滥打过来的），人家刚来，自然要带人家到处走走看，一个篮球勾起Sayaka的回忆...渐渐的，Sayaka已适应美崎町得打工生活，为了答谢明彦的带领，Sayaka每天都给他作早饭（看到她很高兴的样子，实在是不忍心回答吃后真实想法）。在美崎海岸的选美比赛上，为Sayaka摇旗呐喊吧，当然，Sayaka也会冠军优胜哟。一切都是那么自然，两个人的关系是越走越近...又是一段误会，引起了明彦的自责，逃避Sayaka，甚至是任何人，在临走时，明彦作了“胸中告白”并留下了当时的合影，走了，永远离开的美崎町，“可能再也不能跟Sayaka见面了吧”。